Projets de recherche
Variabilité des traits fonctionnels en réponse au changement climatique chez l’omble chevalier (Salvelinus alpinus).
Traits fonctionnels - Plasticité phénotypique - Normes de réaction - Température
Les pressions anthropiques affectent de plus en plus les organismes aquatiques, engendrant en particulier des pertes de biodiversité ou encore des changements d’aire de répartition. Le réchauffement climatique est également responsable de modifications génétiques et phénotypiques au sein des espèces. Dans ce contexte, la compréhension de la variabilité des traits fonctionnels* (ex., taux métabolique, excrétion de nutriments, consommation) est particulièrement importante car ils sont déterminants pour la survie des individus et ils modifient également les interactions avec les autres espèces à travers plusieurs processus écologiques comme la compétition ou la prédation.
Mes recherches actuelles se situent à l’interface de l’écologie évolutive et fonctionnelle et ont pour objectif de quantifier les effets de différentes variables environnementales sur la variabilité de plusieurs traits fonctionnels, en utilisant l’omble chevalier (Salvelinus alpinus) comme espèce modèle (Rogissart et al., 2026).
* Les traits fonctionnels font référence à des attributs biologiques mesurables chez un individu, qui sont liés à la fonction de l’organisme, à savoir son rôle dans l’écosystème et/ou sa performance individuelle, notamment sa capacité à survivre et à se reproduire. Ces caractéristiques incluent la morphologie, la physiologie, la biochimie, la structure, la phénologie et le comportement des organismes.
Réhabilitation des salmonidés des lacs péri-alpins pendant la période d’eutrophisation : une recherche collaborative impliquant les scientifiques et les pêcheurs
Lacs - impact de la recherche - empoissonnement - pêche - salmonidé
Les lacs d’Auvergne-Rhône-Alpes jouent un rôle important dans la fourniture de services écologiques et sociaux, notamment l’approvisionnement en eau, le tourisme, la préservation de la biodiversité et la pêche. Cependant, dans les années 1960-1980, la pollution par le phosphore a entraîné une prolifération d’algues nuisibles, menaçant les œufs de salmonidés tels que l’omble chevalier (Salvelinus alpinus) et le corégone (Coregonus sp.). Cette dégradation a eu un impact économique majeur en raison de la baisse des captures de poissons. À partir de 1983, un programme de recherche appliquée appelé Pacage lacustre* a été lancé par des scientifiques en collaboration avec les pêcheurs et les autorités gouvernementales, en parallèle des efforts de restauration de la qualité de l’eau (Rogissart et al., 2023).
À l’aide de données provenant de diverses sources, telles que des articles scientifiques, des rapports et des interviews, nous avons retracé l’histoire de ce programme qui a contribué à la réhabilitation des populations de corégones (Rogissart et al., 2024) et d’ombles chevaliers dans les lacs péri-alpins, ainsi qu’à la pérennisation des activités de pêche professionnelle et aux impacts socio-économiques positifs.
* Le pacage lacustre désigne l’élevage contrôlé et optimisé de poissons dans le but de les déverser au stade juvénile dans les lacs. Cette pratique vise à compenser le faible nombre de naissances naturelles de ces espèces dans les milieux lacustres.
La caméra acoustique : une approche non invasive pour surveiller la phénologie de la reproduction du corégone (Coregonus sp.) dans les eaux peu profondes du Léman.
Lac - sonar multifaisceaux - haute fréquence - corégone - phénologie
Le changement climatique impacte la phénologie de la reproduction des populations de poissons lacustres, notamment en raison des variations de la température de l’eau. Dans les lacs péri-alpins, tels que le Léman, les corégones (Coregonus sp.) se reproduisent dans des eaux peu profondes à la fin de décembre et au début de janvier, lorsque la température de surface atteint 7 à 8°C. Les méthodes d’échantillonnage traditionnelles, comme la pêche au filet maillant, sont invasives et difficiles à mettre en œuvre, surtout en hiver dans des conditions météorologiques défavorables.
Nous avons utilisé une caméra acoustique* ARIS comme alternative innovante et non intrusive, ainsi qu’une automatisation du comptage des individus, pour étudier précisément la phénologie de la reproduction des corégones dans la zone littorale du Léman sur plusieurs saisons (Godeaux et al., 2026).
* La caméra acoustique est un sonar multifaisceaux à haute fréquence (>1 MHz – 3 MHz) qui transmet des impulsions sonores dans l’eau et converti les échos en images (de la même manière que les ultrasons en imagerie médicale). Ces caméras transforment donc du son en image et permettent ainsi de voir ce qui se passe dans l’eau même quand la visibilité est réduite (eau trouble et obscurité), avec une portée beaucoup plus élevée qu’une caméra classique et sans éclairage qui pourrait impacter le comportement des poissons.
Suivi du comportement des essaims hivernaux de la crevette rouge sang (Hemimysis anomala) à l'aide d'une caméra acoustique et étude de son interaction avec la perche (Perca fluviatilis).
EEE - Invertébrés aquatiques - Mysidae - Caméra acoustique - Régime alimentaire
Les Espèces Exotiques Envahissantes* (EEE) sont reconnues comme une cause majeure de la perte de biodiversité à l’échelle mondiale. La crevette rouge sang (Hemimysis anomala), originaire de la région ponto-caspienne, s’est récemment établie dans le lac du Bourget et le Léman (Rogissart et al., 2025). La prolifération de cette espèce peut perturber le fonctionnement des écosystèmes lacustres en raison de sa compétition avec les espèces planctonophages et de son potentiel en tant que ressource alimentaire pour la perche (Perca fluviatilis) (Rogissart et al., 2022; 2026). En raison de son activité nocturne et de son habitat préférentiellement inaccessible, l’évaluation de son abondance et de son comportement reste largement méconnue.
Pour étudier son comportement in situ, nous avons utilisé une caméra acoustique ARIS Explorer 3000 (Rogissart et al., 2024), et pour examiner sa contribution au régime alimentaire des perches, nous avons utilisé une caméra infrarouge en association avec l’analyse des contenus stomacaux (Rogissart et al., 2026).
* Les EEE sont définies comme des espèces ayant été introduites par le biais des activités humaines, intentionnellement ou non, dans un habitat en dehors de leur aire de répartition géographique naturelle, et représentant une menace pour les écosystèmes, les habitats naturels ou les espèces indigènes.
Étude de l’influence maternelle sur les signaux microchimiques de l’otolithe de truite commune (Salmo trutta) aux îles Kerguelen.
Salmo trutta - microchimie - effets maternel - otolithes - migration
L’analyse des éléments chimiques dans les otolithes* des poissons osseux permet de déterminer l’origine géographique natale des poissons et de suivre leur déplacement entre affluents, dans la mesure où ces éléments reflètent les caractéristiques physico-chimiques de l’eau. Cependant, les otolithes des juvéniles se forment initialement avec les éléments transmis par les réserves vitellines des génitrices, ce qui créer une signature maternelle. Ce signal peut affecter temporairement les signaux microchimiques propres au juvénile et donc masquer les différents milieux fréquentés.
En utilisant des données individuelles sur la truite (Salmo trutta) et des modèles GAMM, nous avons estimé la durée de l’influence maternelle dans l’otolithe pour cinq éléments chimiques majeurs (Sr, Ba, Mg, Mn, Zn). Pour chaque élément étudié à partir de la microchimie, nous avons déterminé le moment caractérisant le plus la sortie de l’influence maternelle.
* Les otolithes sont des concrétions calcaires localisées dans les oreilles internes des poissons téléostéens, elles-mêmes situées de chaque côté de l’encéphale. Elles se forment à partir d’un noyau central pendant l’embryogenèse et présentent des anneaux de croissance similaires à ceux des arbres. Les otolithes font partie du système sensoriel des poissons, leur permettant de détecter les ondes sonores, la gravité et les accélérations linéaires angulaires, aidant ainsi le poisson à se stabiliser dans la colonne d’eau.
Comparaison des trajectoires de croissance entre deux populations de truites commune (Salmo trutta) dans un contexte d’invasion biologique aux Îles Kerguelen.
Îles Kerguelen - invasion biologique - Truite commune - scalimétrie - scalimétrie - croissance - modélisation
Les invasions biologiques peuvent avoir un impact important sur les écosystèmes et constituer une menace pour la biodiversité. Néanmoins, l’introduction d’une espèce dans un environnement vierge où la compétition est absente, devrait avoir un impact différent, avec soit une colonisation de l’habitat, soit un échec. La truite commune (Salmo trutta) a été introduite plusieurs fois aux îles Kerguelen et a réussi à coloniser les rivières vierges de poissons. L’étude des trajectoires de croissance chez les poissons est importante dans le contexte d’invasion dans la mesure où elle influence la migration et la reproduction, affectant ainsi la colonisation.
En utilisant des données individuelles sur la croissance de la truite commune et des modèles bayésiens, nous avons comparé les trajectoires de croissance entre différentes périodes et rivières. Nous avons déterminé la taille en fonction de l’âge en analysant les écailles grâce à la scalimétrie* et utilisé la fonction de Von Bertalanffy pour modéliser la croissance.
* La scalimétrie est une méthode permettant de déterminer l’âge et la croissance des poissons à partir des anneaux de croissance des écailles comparables à ceux présents sur la section transversale d’un tronc d’arbre marqué par les saisons. Les écailles ne présentant pas de stries de croissance au centre sont des écailles régénérées, résultant d’un processus de renouvellement d’une écaille perdue.
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